三自与家庭教会的关系
与世界其他国家相比，中国基督教发展中出现的最大问题或最突出的特色，就是出现了三自教会与家庭教会之分，亦可称为政府认可的教会与不认可的教会，合法教会与不合法教会，地上教会与地下教会等。有学者认为，只要家庭教会的问题不解决，国际社会就会一直认定中国没有宗教自由。对于三自的是与非，历史上已有很多的事例和评判，关于其将来的发展和走向也不确定。不管如何，三自与家庭是一个已经存在并将持续发展的事实，也是中国基督教会绕不开的坎。现根据目前三自与家庭教会之间的现状做一简单的分析，主要取材自一些学者的观点梳理，仅供参考。
1 “三自”教会的特点及面临的问题
有学者认为，三自教会的成立是历史的进步，其功能不能抹煞，但发展至今存在许多问题和困难。学者们认为，改革开放三十年来，三自教会的组织管理，总体上比较有序化和规范化，一定程度上扮演了安全阀的角色。在救助弱势群体，促进社会慈善方面，仍然具有相当积极的正能量。查时杰认为，三自教会在本色化运动过程中，一方面结束了宗派林立，统一了中国教会；另一方面为了完成本色化运动而应用过激的手段与行动，受到政府的极大影响，“政控制教”现象长期存在。
三自教会目前面临的问题：
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第一、神学水平参差不齐，聚会形式呆板，礼仪和讲道信息一成不变，无法满足各种信徒不同的需要，导致信徒流失，特别是不能满足青年信徒的需要；
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第二、长期以来，三自教会中金字塔式的自我管制和家长式膨胀，政府适得其反的安排和照顾（如财政补贴和资助），基层脱离属地管理原则的横向交通会等，这一切使本应该成为党和群众之间桥梁的三自教会，在有些地方现在已经成为“断桥”。
第三、经过50多年的发展，特别是在“政主教从”的管制格局下，各级的三自教会事实上已经走向了单位化，官僚化，科层化的组织机构。从活动经费、工资、上下班制，到类似行政级别的政治安排（如宗教界人士在各级政协、人大中的任职），形成了一种相对稳定的社会制度，组织形态和统治的威权。
2 “家庭”教会的特点及隐患
同三自教会相比，家庭教会的特点是“形散神不散”。宗教活动场所灵活多变，发展也相对迅速，但其中也隐藏着严重的隐患：
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第一、被迫化的隐秘性，容易产生打压之下的悲情化和过激化，信仰比较偏向基要，常以反迷信之名排他，具有强烈的传教热情，也容易产生教主式的宗教膜拜；
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第二、教会体制上深受传统的家长制、集权专制的影响，牧者同工良莠不齐，人事财务不公开透明，反而强调自己的教会制度是圣灵引导下的民主制；
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第三、不太关心文化基督徒或政治基督徒所鼓励的民主自由宪政，更关心的是他们的上帝、他们的教会以及教会内的弟兄姐妹；
第四、虽深受中国传统文化影响，但有很强的灵恩倾向，关注末世的来临，也很容易被侵蚀或发展为异端。
3 二者间极难调和的鸿沟
三自教会与家庭教会之间在社会关系网络方面存在着巨大的鸿沟，其间张力不容易调和。
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第一、三自教会的社会资源来自强大的政治体系，在很大程度上受到现行体制的规范，而家庭教会则基于非正式的松散的民间结构，自给自足，反而真正地实行“三自”，并且不受现行体制的控制，仅对政府偶尔的干预作出回应；
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第二、三自教会过于体制化、行政化、统一化，这有助于其在公民社会中传播道德信息的努力，然而地下教会却具有普遍的多样性，更能对中国宗教市场的需求做出回应，因此个体更有可能在家庭教会中找到适合他们独特文化需求的环境；
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第三、三自教会和政府官员有密切的联系，而和西方主流教会有尽管正式但却很弱的国际联系，而家庭教会则与海外的主流教会和信徒有较多的联系，但与政府官员却只保有弱的关系；
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第四、三自的领导大多是根据政府的授意，选拔标准为“政治上靠得住，神学上有造诣，教会内能服众，关键时候能起作用”，而家庭教会的长执们则是由生命上相对成熟和功用上相对老练的信徒自然地显出，更在乎信众的认可和支持。
总的来说，他们之间的那种不兼容性似乎很难克服，无法实现真正的融合和统一。其表现和影响力各有不同，二者之间力量的联合也几乎不可能。有学者认为，在中国当前处境下，这种“教会各有所养，羊群各取所需”的局面将成为常态，正如西方基督教会素有的“high church”和“low church”的区分。